Editar: Em versões posteriores do Ubuntu (essa questão foi escrita em 2011, afinal de contas), as coisas mudaram para o gsettings. Veja: Como alterar o fundo da área de trabalho a partir da linha de comando no Unity ?
É uma configuração de gconf : /desktop/gnome/background/picture_filename . Você pode definir seu valor executando o seguinte:
gconftool-2 -t string -s /desktop/gnome/background/picture_filename <path>
Obviamente, substitua <path> por um caminho completo para a imagem de plano de fundo que você deseja exibir.
Se você quiser ver o que mais está disponível em uma boa GUI, execute:
gconf-editor /desktop/gnome/background/