Eu tenho um arquivo com 7 colunas, um arquivo GFF com regiões cromossômicas.Eu quero recolher as linhas onde REGION="exon" para apenas uma linha no arquivo.A linha tem que ser recolhida com base em regiões sendo sobrepondo uns aos outros.
REG...
Usando bash scripting e grep / awk / sed, como posso dividir uma linha que corresponde a um padrão conhecido com um único delimitador de caracteres em uma matriz, por exemplo, converter token1;token2;token3;token4 em a[0] = token1 … a[3]=t...
Por exemplo, tenho 2 arquivos com as seguintes informações:
Arquivo nº 1:
12
13
14
15
Arquivo nº 2:
12 1
13 2
14 2
15 6
16 7
17 8
Arquivo de saída:
1
2
2
6
No arquivo de saída, quero apenas os valores da segunda coluna do...
Estou tentando encontrar o comando sed para remover o final da linha (ou seja, obter a próxima linha para a corrente), mas somente se a linha começar com a cadeia NOTOK.
exemplo de entrada:
NOTOK something detected
details are...
Eu tenho um script, no qual um trecho de script é
x=3
awk '$2=$x{print $1}' infile
a variável externa é x,
mas solicita um erro no awk
Então, nessa situação, como fazer o awk ser executado com sucesso?
obrigado!
awk '{ TEMPVAR="/usr/bin"; printf("%s", system("ls $TEMPVAR")); }' empty
Neste exemplo, estou tentando trazer a variável TEMPVAR para a chamada system . Como eu faria isso?
O que eu pretendo fazer: Estou tentando usar date -d $0 +%s...
Como escrever um script de shell que usa awk para ler o arquivo de dados students.txt e gerar os dados no formato tabulado, conforme mostrado:
Surname Forename MSc Stream Date of Birth
Smith John IT 15.01.1986
Taylor Susan IT 04.05.1987...
Eu tenho um arquivo com alguns milhões de linhas, tudo a mesma coisa.
apenas por um exemplo:
Known
Known
Known
Known
Known
Known
...
Eu tenho outro arquivo com alguns milhares de números de linha, por exemplo:
3
5
6
...
Gostaria de...