Perguntas sobre 'gnu-parallel'

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Parallel lê o conteúdo de um arquivo zipado sem extração

Eu tenho a seguinte estrutura de arquivo zip: $ unzip -l Undetermined_S0_L004_R1_001_fastqc.zip Archive: Undetermined_S0_L004_R1_001_fastqc.zip Length Date Time Name -------- ---- ---- ---- 0 10-10-14 14:44 Un...
12.12.2016 / 07:59
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o curl simultâneo não conseguiu resolver o host

Eu tento executar o enrolamento de co-corrente, mas ele pode informar facilmente "Não foi possível resolver o host". Para executar o curl paralelo, eu uso "paralelo". parallel :::: ./a.sh ./a.sh from api server % Total % Received % Xferd...
21.09.2016 / 18:23
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Executando comandos consequentemente em várias pastas

Eu tenho a pasta pai "pai". Dentro dessa pasta eu tenho subpastas e um arquivo chamado "names.txt". este arquivo inclui os nomes dessas subpastas da seguinte forma: Parent_folder folder1 folder2 folder3 folder4 . . . . names.txt O conteúd...
08.07.2016 / 01:03
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Posso esperar escalonamento linear com o GNU Parallel

Estou usando o GNU Parallel para realizar benchmarking usando 20 núcleos para testar o speedup em comparação a fazer o mesmo trabalho em apenas 1 core. Devo esperar escala linear quase completa, ou seja, meu cálculo será aproximadamente 20x mais...
19.08.2016 / 07:20
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wget usando -i com -O

Eu tenho um banco de dados de arquivos para download contendo campos para filename e download_url com o formato: "foo-1.23.4.jar", "http://example.com/files/12345678/download" "bar-5.67.8.jar", "http://example.com/files/9876543/download...
23.01.2018 / 22:06
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O valor da variável não é reconhecido após o uso do gnu paralelo?

Eu tenho um script de shell abaixo do qual estou tentando copiar 5 arquivos em paralelo. Estou executando meu script de shell abaixo em machineA , que tenta copiar o arquivo de machineB e machineC. Se o arquivo não estiver em machineB , e...
05.05.2014 / 06:15
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substituição dentro da cadeia de comandos paralela

Quero fazer o download de vários arquivos e salvá-los na soma md5 de seu nome: cat list | parallel -j4 "md5=$(wget -O - {} | tee tmpfile_{#} | md5sum | cut -d ' ' -f 1); mv tmpfile_{#} $md5" mas o problema é que o bash parece executar o w...
24.04.2013 / 10:40
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Extrai o padrão de Directory no GNU parallel

Estou executando um software de linha de comando em várias pastas / amostras. Cada pasta tem esses arquivos * fastq.gz. Abaixo está um exemplo de uma pasta. Sample_EC_only / EC_only_S1_L005_I1_001.fastq.gz Sample_EC_only / EC_only_S1_L005_...
10.09.2018 / 22:01
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Execução paralela de várias cópias do mesmo arquivo com entradas diferentes usando o script shell

Suponha que eu tenha um arquivo "Analysis.C", que usa um arquivo de dados como entrada. O arquivo de dados é denominado "a.00001.txt" por meio de "a.01000.txt". Uma maneira de fazer loop em todos os arquivos é escrever um script de shell no qual...
31.08.2018 / 07:54
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gnu argumento de par paralelo com argumentos de entrada de arquivo

Eu tenho um arquivo com muitas linhas, e em cada linha eu tenho os argumentos que quero passar paralelamente a um separador de guias. Eu corro este script cat $hdd_file | grep $ssd | parallel -C '\t' clean_and_destroy E funciona, $ hdd...
13.03.2018 / 14:52