As configurações dos periféricos para Unity (e Gnome) são armazenadas usando dconf . Você pode instalar o dconf-editor para inspecionar e redefinir as configurações manualmente. O mouse e o touchpad podem ser encontrados em /org/gnome/desktop/peripherals/mouse/ e /org/gnome/desktop/peripherals/touchpad/ respectivamente.
Como alternativa, insira os seguintes comandos no Terminal para redefinir todas as configurações do mouse e do touchpad:
dconf reset -f /org/gnome/desktop/peripherals/mouse/
dconf reset -f /org/gnome/desktop/peripherals/touchpad/