Isso parece não ser necessário.
$ echo -e 'foo\rbar\r\n' > nano
$ cat -A nano
foo^Mbar^M$
$
$ nano nano
Eu não faço absolutamente nada, exceto tecle Ctrl + O e pressione enter para salvar o arquivo, então Ctrl + X para sair ...
$ cat -A nano
foo$
bar$
$
Então, aparentemente, simplesmente abrir um arquivo e salvá-lo em nano
no Ubuntu é suficiente para destruir os retornos de carro.