Este é um problema quando você compila a partir do código-fonte ou instala um pacote fora do apt (apt-get).
Provavelmente a solução mais fácil é usar o checkinstall
sudo apt-get install checkinstall
Em seguida, faça e instale o php
make
sudo checkinstall
O checkinstall cria um .deb a partir do seu código-fonte, e então instala um .deb, então o apt irá reconhecer que o php está instalado.
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