Eu acredito que as opções para o que eu quero que aconteçam são selecionadas, mas por alguma razão a unidade não as usa corretamente (isso pode ter algo a ver com a atualização do 12.04 em vez de usar uma instalação limpa). Eu tive esse problema com alt + clique após a atualização, mesmo que eu mudei a configuração para que funcionou em 12.04. Entrei no editor do dconf, alterei algumas configurações mas não as alterei, e agora clicar em uma janela funciona como esperado.
sudo apt-get install dconf-editor
Agora, execute o editor do dconf e navegue até as configurações relevantes:
org->gnome->desktop->wm->preferences
Agora altere o "modo de foco" e "aumentar o clique" para algo e, em seguida, defina-os de volta ao padrão.