Você executa o comando na sua pasta pessoal. Mas o arquivo está presente exatamente lá?
Verifique se o seu diretório home contém animate.gif. Se não copiar animate.gif para o seu homedir, ou faça cd /path/to/file/
antes de executar o seu comando, ou use o caminho completo: gif2swf -o test.swf -r 12 /path/to/file/animate.gif