Suponho que isso pode ser facilmente alterado com a ajuda de um tema. Você terá que baixar aquele que gostou e adicionar a pasta ao ~/.themes e depois com uma ferramenta como o Ubuntu Tweak instalá-lo.
Há um guia passo a passo na seção de resposta desta pergunta:
Como posso instalar temas GTK no Ubuntu?
Quanto APENAS a cor highlitening, você deu uma olhada nisso: SUBSTITUA A COR LARANJA EM UBUNTU 11.10 (COR ATIVA) Eu não tentei por mim mesmo, mas aposto que ainda funciona.
No entanto, há uma maneira mais amigável: sudo apt-get install gtk-theme-config e é isso que eu acho que você está procurando. Simplesmente abra o terminal ( Ctrl + Alt + T ) e digite aquele trecho de código e execute o programa com gtk-theme-config . Com essa ferramenta, você pode alterar apenas "Realçar plano de fundo". Você também pode alterar outros menus e cores dos painéis.