Eu tive um problema semelhante no meu Surface Pro, eu queria um boot duplo com o Kubuntu e o Windows 8.1. Depois de instalar o Kubuntu, não consegui arrancar no Kubuntu a partir do disco rígido - apenas a partir do USB ao vivo.
Eu tentei muitas coisas, incluindo reparo de inicialização. Eventualmente eu cedi e tentei o rEFInd que vi mencionado em algum lugar online. Eu iniciei no Kubuntu live usb e instalei o rEFInd após montar /dev/sda2 as /boot/efi . Ao instalar, carrega na partição /boot/efi . Você terá que clicar em "ok" em um ponto da instalação. Eu reiniciei e fiquei com um monte de opções de inicialização! Parece bom! Eu escolhi um dos primeiros partitons do ubuntu e ele foi inicializado!
As instruções que funcionaram para mim:
Primeiro inicie em uma sessão USB ao vivo
sudo mkdir -p /boot/efi
sudo mount /dev/sdXN /boot/efi
onde sdXN é sua partição efi, por exemplo, sda2 no meu caso. Se você não souber os valores de X e N do seu sistema, acione o gparted e procure a partição com um sinalizador de inicialização.
sudo apt-add-repository ppa:rodsmith/refind
sudo apt-get update
sudo apt-get install refind
depois reinicie.
edit: encontrei a resposta original em que isso é baseado e corrigi um erro no meu código: Como posso fazer o GRUB funcionar depois de restaurar a partição EFI excluída?