A diferença entre os horários de início pode ter a ver com o recurso "inicialização rápida" do Windows. Ele basicamente iguala o modo de hibernação do Ubuntu. Basicamente, o computador não é desligado quando você diz para desligar. Apenas transfere a informação na sua RAM para o seu disco rígido.
Assim, quando você inicializa seu computador, ele não está realmente executando todas as seqüências de inicialização; é só enviar as informações de volta da sua unidade para a sua RAM.
Se você quiser que o Ubuntu inicie tão rapidamente, tente usar as funções de hibernação ou suspensão. Você pode encontrar a leitura oficial aqui.