Eu tive o mesmo problema com o LyX 2.1.4 no Xubuntu 16.04.1. Parece haver várias soluções para isso:
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Alguns sugerem a execução do aplicativo com os sinalizadores
-style gtk+ou-style gtkna linha de comando. -
Outros sugerem definir a variável de ambiente
QT_STYLE_OVERRIDEcomoGTKouGTK2ouGTK3. -
O que funcionou para mim foi editar
~/.config/Trolltech.conf(ou/etc/xdg/Trolltech.conf) e adicionar o seguinte:[qt] style=GTK+
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