Problema com um seqüenciador de DNA

Question

Recentemente, obtive o sequenciador do genoma do MinION USB (DNA), que, para meu desapontamento, não parece estar funcionando corretamente no Ubuntu.

Estou usando a versão 12.04 do Ubuntu. O seqüenciador é detectado corretamente pelo script / driver que o acompanha, mas parece não conseguir detectar a amostra.

Estou anexando a captura de tela do processo. Qualquer ajuda seria muito apreciada!

    

Answer 1

Como o dispositivo é detectado corretamente pelo script, parece mais provável que seu problema esteja no lado do seqüenciador de genes, em vez de ser um problema do Ubuntu. Existem outras utilidades que permitirão a comunicação com o seu seqüenciador para quaisquer outros recursos, talvez uma rotina de calibração? Se o Ubuntu puder se comunicar com a máquina e fazê-la fazer outras coisas, eu esperaria que o problema fosse com o seqüenciador de genes, e não com o computador. Outro teste possível é tentar usar outro sistema operacional, se houver software disponível. Por fim, verifique se o seqüenciador possui o firmware mais recente e se o software que você está usando para se conectar está atualizado.

    

Answer 2

Um palpite: pode ser um problema de permissão? Alguns dispositivos funcionam bem para algumas operações quando executados como um usuário comum, mas exigem root privilégios para executar outras operações. Assim, você pode tentar sudo ./gseq e ver se isso ajuda. Se isso ajudar, mas você não quiser correr como root o tempo todo, poderá rastrear o (s) arquivo (s) de dispositivo e alterar suas permissões para obter acesso ao dispositivo usando sua conta normal. Isso provavelmente envolveria a criação de regras do udev. Eu não vou entrar aqui porque esta solução é um pouco longa.

    

Answer 3

É possível que a vida útil de 6 horas do dispositivo tenha sido excedida? Parece provável que seja mais um erro de dispositivo ou um problema de processo. O suporte técnico do MinION deve ser o seu principal contato para resolver esse problema, pois parece que o programa está se comunicando com o dispositivo.

Chris