Portanto, na pasta /usr/bin/ você terá arquivos semelhantes a este (aqueles em negrito são links simbólicos).
python
python2
python2.7
python3
python3.4
python3.4-config
python3.4m
python3.4m-config
python3-config
python3m
python3m-config
Portanto, o comando python 3 é na verdade um link para o executável python3.4 .
Quando você "atualiza" para 3.4.1 , não remove 3.4.0 de fato. Tente executar /usr/bin/python3.4 e /usr/bin/python3
A nova instalação é diferente: /usr/local/bin/python3
Esse link vai para o novo executável /usr/local/bin/python3.4 , que é 3.4.1 .
É por isso que executar python3 fornece 3.4.1 no terminal, mas idle3 é 3.4.0 . (Eles "olham" nos respectivos lugares primeiro).
Portanto, o PyCharm está (presumivelmente) procurando /usr/bin/ primeiro, por isso não vê o 3.4.1 . Tente adicionar um link simbólico em /usr/bin/ chamado python341 (ou similar) vinculado a /usr/local/bin/python3.4