Para desabilitar o notificador de atualização, apenas pressione Ctrl + Alt + T no seu teclado para abrir o Terminal. Quando se abre, execute o (s) comando (s) abaixo:
gconftool -s --type bool /apps/update-notifier/auto_launch false
Observação: Lembre-se de que isso não manterá seu sistema atualizado com a segurança e outras atualizações importantes.
Para desabilitar atualizações, no terminal do:
sudo gedit /etc/apt/apt.conf.d/10periodic
Quando abrir, altere o "1" para "0", conforme mostrado na imagem abaixo, e
Em seguida, altere a opção Verificar Automaticamente Atualizações para "Nunca", conforme mostrado na imagem abaixo.
Fonte para a última parte complementa de Guillermo G.