Eles são dois discos físicos diferentes ou duas partições no mesmo disco?
Durante o processo de instalação, você será perguntado como dividir o disco. A maneira mais segura é usar o particionamento automático que detecta o seu sistema operacional existente e não o sobrescreve.
Escolhendo o caminho manual: Se for sua primeira instalação, eu manteria simples e criaria apenas uma / e uma partição / home, além de uma pequena troca (pelo menos o tamanho da sua memória RAM, se você planeja hibernar). Apenas certifique-se de checar se não vai formatar a partição win existente e montá-la como / windows
o instalador cuidará da configuração do ambiente de inicialização dupla