A partir do que você descreveu, parece que você está enfrentando um problema comum com a verificação de atualização do apt, que é executada assim que você faz login pela primeira vez e faz com que o uso da CPU aumente por um tempo. É inofensivo e geralmente desaparece depois de alguns minutos.
Nesses casos, a melhor coisa a fazer é ser paciente e não fazer muito imediatamente depois de iniciar o sistema, já que a maioria dos sistemas (pense, core2duo, 4GB Ram e outros como :) não será capaz de manipular a carga de trabalho muito suavemente.
Infelizmente, eu não sei de nenhuma correção de incêndio para isso neste momento.