você verificou se está realmente em execução? possivelmente você execute uma versão não atualizada do dropbox, e apenas o indicador desapareceu. dropbox apenas recentemente adicionou a compatibilidade do indicador-applet, que é necessária para o natty.
atualize a caixa de depósito executando
dropbox stop
rm -r ~/.dropbox-dist
dropbox start -i
editar: não aquele bug depois de tudo, thx jorge. Parece ser corrigido com uma nova versão da caixa de depósito: link