Você ainda pode configurar o atalho Global no próprio aplicativo.
Lançamento do yakuake. Em seu menu (no meu tema o pequeno triângulo entre "pin" e "fechar" no canto inferior direito), você será capaz de selecionar a entrada "Configure Shortcut ..."
Aqui você poderá selecionar seu atalho preferido na coluna Global (por padrão, tecla F12)
Mesmo para outras aplicações do KDE, tanto quanto eu vi, você pode selecionar o atalho global a partir do próprio aplicativo.