Simples, inicie o Nautilus com:
nautilus --no-desktop
Quando inicio awesome com startx não tenho histórico (por opção) e quando clico com o botão direito no "desktop", recebo um menu para abrir aplicativos como no GNOME normal.
O problema é que quando eu inicio o Nautilus ele basicamente inicia a área de trabalho do Unity com o plano de fundo padrão do Ubuntu e o menu do botão direito do desktop do Unity como posso impedir que isso aconteça?
Simples, inicie o Nautilus com:
nautilus --no-desktop