Eu encontrei o problema - vem de ter barras de rolagem de sobreposição instaladas. Você pode removê-los através do Synaptic ou digitando
sudo apt-get remove overlay-scrollbar
EDIT - as barras de rolagem de sobreposição também podem ser desativadas por meio da ferramenta Unity Tweak. Isso corrige o problema do tema GTK3 sem a necessidade de remover o pacote da barra de rolagem. Se você já removeu o pacote da barra de rolagem, pode ser necessário reinstalá-lo antes que a ferramenta Unity Tweak seja executada.