Confira a parte do Windows de link - ele quer que você abra o link no Internet Explorer ou no Google Chrome, reinicie o computador e tente configurar o Ubuntu One novamente. Isso fará o download e instalará o certificado adequado como uma solução alternativa.
Temos uma nova versão que deve ser lançada em breve, o que corrige o problema que você está vendo. Ele usará certificados que são empacotados com o instalador em vez de dependerem do Windows para ter este certificado instalado.