Não sei por que você está tentando compilar a libxml2 exatamente. Você precisa instalar o libxml2-dev
para poder construir fontes que dependam da libxml2. Você pode fazer sudo apt-get build-dep $package
para instalar as dependências de compilação para um pacote de fontes específico também.
Não sei ao certo qual é o erro da sua pergunta. Não há contexto suficiente para dizer qual é o problema exato, mas parece que possivelmente há um problema com o espaço no caminho do arquivo.