Se você tiver IDEA 11, vá para o menu Tools
e selecione Create Desktop Entry
. Então faça qualquer modificação que você queira fazer no arquivo .desktop que seria criado em ~ / .local / share / applications
Para obter mais informações, consulte Iniciador personalizado para IntelliJ IDEA no Ubuntu Unity
Eu não acho que esse problema pode ser resolvido em versões IDEA mais antigas que 11. Confira Ativador de aplicativo Java que não está no iniciador Unity e link