Eu uso uma configuração bem parecida e experimento a mesma coisa. Pode estar relacionado com um ou mais dos erros actuais com unidade e ordem de janela / focagem / etc (que também me afectam), e. link
Pelo menos é isso que eu coloquei até agora ...
Como @ user49890 em Emacs-AUCTeX-Okular eu tenho um problema igual com o Kile e o Okular. No configurado para o SyncTeX e funciona bem quando o Okular é fechado e o Kile constrói rapidamente o PDF, o Okular é aberto na frente do Kile. Mas se o Okular já estiver aberto com a janela atrás da janela do Kile, fica escondido quando o Kile diz [ForwardPDF] test.pdf (okular)
Isso é um bug ou eu fiz uma configuração errada (embora eu esteja usando as configurações predefinidas do Okular e do Kile).
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O problema permanece se eu usar a opção --unique do Okular ou não. E usar ViewPDF em vez de ForwardPDF também não faz diferença.