As alterações nas configurações do Compiz, por exemplo, não afetam outras sessões. Mas mudanças como instalações de programas, configurações de programas e temas (acho que isso te preocupa), sim.
Então, se você alterar o tema GTK para a sessão Gnome Classic, essa mudança afetará as sessões Unity (Ubuntu), Gnome-Shell e Cinnamon.