Quando você instala o Wubi, o local de instalação padrão é C: / ubuntu. Você pode alterar a partição para instalar o wubi, mas a localização será sempre como DRIVE: / ubuntu.
Não tenho certeza do que você quer dizer com a primeira pergunta, mas depois de instalar o wubi, ele adiciona uma entrada do Ubuntu (que leva ao GRUB) no Menu de Inicialização do Windows sem reescrever o MBR. Quando você remove o wubi, o desinstalador removerá a entrada do Ubuntu.
Se você realmente estragou o MBR, recomendo baixar o EasyBCD que permite modificar o menu de inicialização do Windows.