Arno, esse link pode levar você a uma solução. Boa sorte.
Eu instalei o Lubuntu 12.04 via pendrive no meu Eee PC 1005HA. Ele inicializou bem a partir do disco rígido com o USB conectado. Se eu remover o USB, ele não será inicializado a partir do disco rígido. Quando eu conecto o USB de volta, ele inicializa do hdd muito bem, mas ele não vai me deixar arrancar a partir do stick, mesmo quando eu selecioná-lo na BIOS. Eu nunca experimentei algo assim. Sem o USB conectado, eu só tenho um sublinhado piscando e é isso.
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Você provavelmente escreveu o bootloader na unidade flash USB. Instale novamente e certifique-se de configurar o bootloader para ser instalado no HDD.