Isto é por design (por desenvolvedores do Ubuntu).
Vários usuários reclamaram disso e arquivaram bugs em relação a isso. Mas os desenvolvedores do Ubuntu não responderam à implementação desta solicitação de recurso. A situação é muito pior para usuários que usam o dconf-editor para desabilitar os avisos desnecessários "tem certeza" que aparecem quando os usuários requisitam Shutdown, Logoff, etc. Quando isso é ativado, literalmente não tem jeito para desligar via GUI.
Você só tem duas opções (até onde eu sei) para reiniciar o computador em 12.04. Use o ineficiente e ineficiente "você tem certeza" prompt que ocorre quando você seleciona Desligar .... Ou reiniciar via Terminal (que envolve ter que digitar sua senha toda vez!) Com o comando sudo shutdown -r 0