Consegui corrigir este problema (em 12.04) com o Terminal e o Thunar editando o Menu:
Clique com o botão direito do mouse em Menu , selecione Propriedades e, em seguida, Editar menu , selecione a categoria Acessórios à esquerda. e então, à direita, desmarque Gerenciador de arquivos e marque Gerenciador de arquivos Thunar . Para o terminal, desmarque Terminal Emulator e marque Terminal .
Em seguida, abra o Menu Iniciar e arraste o ícone do aplicativo diretamente para o Docky. De agora em diante, os lançadores do Docky devem funcionar e os ícones devem ser exibidos corretamente