Você pode mesclar o conteúdo usando uma montagem de união, mas isso não faria o que você deseja. Todos os arquivos de sistema do novo disco rígido irão mascarar todo o sistema no disco rígido de inicialização, assim você estará efetivamente tentando substituir todo o sistema operacional enquanto estiver em execução, não apenas os aplicativos recém-instalados.
Se você quiser transformar o segundo sistema em um "clone" do primeiro, com todos os mesmos aplicativos instalados, você pode usar o aptitude. Primeiro, você corre aptitude-create-state-bundle no primeiro sistema. Isso cria um registro de todos os aplicativos que você instalou. Copie esse arquivo para o segundo sistema e use aptitude-run-state-bundle . Isso instalará todos os mesmos aplicativos no segundo sistema.