Esta questão é parcialmente respondida em
Existe uma API detalhada documentação sobre a ligação de python para appindicator?
A resposta é: carregar o arquivo desktop gtk produz um objeto GtkMenus em algum lugar , onde você deve conseguir tirar o objeto do menu gtk, olhando para seus filhos.
Não consigo encontrar uma boa documentação para o que o build_menu_from_desktop retorna, se você não puder investigar o código manualmente para encontrar a resposta, então procure Ted Gould que será capaz de responder. Encontrar os objetos Gtk é a resposta.
Caso contrário, siga o conselho para Ted na pergunta acima, você não deveria estar usando a função conveniência, em vez disso você deveria estar construindo os menus manualmente ou carregando um arquivo glade se você quer que as entradas do menu sejam separadas em outro arquivo. (não se esqueça de vincular métodos aos seus eventos de cliques nesse caso)