O Ubuntu (especificamente o GNOME) não usa mais o ESD, o padrão é pulseaudio. Portanto, para que a saída de áudio funcione no VLC, é necessário instalar o vlc-plugin-pulse e definir a opção de saída de áudio nas preferências dos VLCs como "pulsação".
Quanto ao seu problema com o Mozilla, tente usar a versão nativa de 64 bits do plugin flash Adobes em vez da versão de 32 bits usando o nspluginwrapper.
Você pode obter a versão de 64 bits aqui: link