Se o Dropbox estiver configurado para não executar no login (intencionalmente ou não), ou o checbox não funcionar como planejado, ele removerá o arquivo .desktop
você, ou aplicativos de inicialização criados, no próximo login. Posteriormente, ele desaparecerá da lista de aplicativos de inicialização.
Basta renomear o arquivo ~/.config/autostart/dropbox.desktop
para (por exemplo) start_dropbox.desktop
depois de criado, e o Dropbox não o reconhecerá como seu e deixará o arquivo sozinho.