A melhor solução é tornar-se root usando su ou efetuando login como usuário root desde o início, se você tiver essa capacidade (os usuários do Ubuntu não, a menos que tenham corrigido esse defeito). De qualquer forma, assim que você for root, faça um chown -R user: group no caminho para a instalação do eclipse.
Em seguida, seu usuário comum deve poder instalar plug-ins. No futuro, não instale o eclipse como usuário root. A raiz ainda pode usar o eclipse quando outro usuário a instalar e possuir.