Eu não uso nem o iphoto nem o shotwell, então o seguinte pode não ser relevante. Eu suponho que você está querendo reorganizar suas fotos por data e hora? Shotwell é o que você propõe usar para conseguir isso?
Eu uso o jhead ( link ). É apenas linha de comando, mas muito rápida. Ele irá operar em um diretório inteiro cheio de imagens com um comando. Ele usa os metadados exif incorporados nas imagens e pode renomeá-los por data e hora (ou seja, data e hora), de acordo com o padrão especificado na linha de comando. A renomeação pode incluir a criação de uma estrutura de diretórios com base na data. A página da web a que eu me vinculei dá exemplos.
Se isso funcionar para você, você poderia criar um script de shell com o padrão de renomeação escolhido, para que você possa reproduzir o mesmo padrão para cada diretório cheio de fotos. Há também muitos exemplos na internet sobre como obter um script para percorrer uma árvore de diretórios e executar o comando desejado em todos os diretórios encontrados. Não me pergunte como fazer isso - você precisará perguntar a alguém que saiba!