A partir do Ubuntu 13.04 com o último PlayOnLinux executando o Evernote e / ou o join.me em uma garrafa Wine 1.5.28 ... este problema desapareceu sozinho.
Eu só tenho PlayOnLinux criar os atalhos no meu desktop e então eu copiá-los para ~/.local/share/applications
sair e entrar novamente. Então eu tomo esses atalhos traço e arraste-os para o lançador.