Use apt-mark . Por exemplo, se você quiser marcar qtcreator como instalado manualmente:
sudo apt-mark manual qtcreator
Você pode verificar quais pacotes estão (marcados como) automaticamente instalados:
apt-mark showauto
e quais pacotes estão (marcados como) marcados como instalados manualmente:
apt-mark showmanual
Verifique man apt-mark para ter mais ideia.