Eu tenho procurado por isso por uma hora, porque tem sido um incômodo para mim também.
SOLUÇÃO FÁCIL
A solução mais simples que encontrei, mas não tenho certeza se isso está funcionando o tempo todo, mas vale a pena tentar, pois a primeira solução é quando você faz login, no canto superior direito, você poderá escolher o seu Teclado, Escolha o que você quer da lista, depois disso, da próxima vez, será o lembrado (não tenho certeza de como isso funciona com vários usuários que escolhem diferentes layouts de teclado).
SOLUÇÃO ALTERNATIVA
Use-o apenas se a Solução Fácil não funcionar. A outra solução que encontrei é sobrepor a configuração do gnome com as configurações padrão do sistema,
execute isso até obter o layout de teclado desejado
$ gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.keyboard active
e o setxkbmap lhe dirá essas configurações
$ setxkbmap -query
e você terá algo como:
rules: evdev
model: pc105
layout: us
variant: intl
options: lv3:ralt_switch
Portanto, basta adicionar os dois novos comandos a serem executados quando o ubuntu for iniciado, adicionando-os /etc/rc.local
Comando # 1:
# prevent gnome from resetting keyboard setting in X
gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.keyboard active false
Comando # 2: (baseado nas informações obtidas acima por setxkbmap -query
setxkbmap -rules evdev -model pc105 -layout us -variant intl -option lv3 -option lv3:ralt_switch
Fontes: