Você provavelmente poderia gostar de executar gconf-editor - ou talvez até dconf-editor desde 12.04, - e navegar diretamente para a chave org.gnome.desktop.default-applications.terminal :
O parâmetro exec-arg deve ser alterado para -e do Guake. Para os preguiçosos:
gsettings set org.gnome.desktop.default-applications.terminal exec 'guake --new-tab'
gsettings set org.gnome.desktop.default-applications.terminal exec-arg '-e'