Eu tenho esse mesmo problema no Ubuntu 14.04.
Consegui contorná-lo de forma aparentemente adequada com atalhos de teclado, ligando super + 1 , super + 2 etc para esvaziar comandos (estou usando um espaço). Essas atalhos de teclado parecem não ser executadas mesmo quando o comando não está vazio, mas agora quando eu pressiono super + 1 ele parece se comportar normalmente mas como um evento chave único, em vez de "super abre o iniciador", "1 tecla seleciona o primeiro aplicativo".