O Unity, por opção, não suporta o que você está se referindo como "ícones decentes de bandeja". São indicadores ou nada. De lá você tem várias opções:
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Aproveite os recursos de indicadores limitados. Você pode definir o menu que será usado pelo seu indicador com o método padrão QSystemTray.setContextMenu ().
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Desconecte totalmente seu aplicativo da bandeja do sistema. Como em, transforme-o em um ícone flutuante na área de trabalho, que será capaz de aceitar cliques no meio e no botão direito, como God e Matthias Ettrich pretendiam. Você pode encontrar um exemplo simples de como fazer isso aqui: link (opcionalmente, isto apenas quando detecta que está a executar o Unity, ou seja, se $ DESKTOP_SESSION está definido como 'ubuntu'.)
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Declarar que a unidade não é suportada. Esta não é uma boa opção.
Se você deseja usar a opção 1 ou 2, depende principalmente do que seu aplicativo faz.