Eu uso canela atualmente e sempre que uso o ffmpeg para gravar minha tela, aparecem flashes azuis quando interajo com o painel de canela e os miniaplicativos. Quando inicio uma gravação em vlc, coisas semelhantes acontecem, mas com flashes brancos.
Exemplo de gravação aqui. link
EDIT: Tweaked o pequeno applet que eu uso para usar avconv, produz exatamente os mesmos efeitos também.
avconv -f pulse -ac 2 -i alsa_output.pci-0000_00_14.2.analog-stereo.monitor -f x11grab -s 1920x1080 -r 30 -qscale 1 -i :0.0 $HOME/Videos/test2.mkv