Problema com a execução de dssp (atribuição de estrutura secundária)

Question

Eu segui um post anterior para instalar o dssp no Ubuntu

Como instalar o dssp (atribuições de estrutura secundária) sob 12.04?

Após a instalação, tentei executar o dssp, que estava em /usr/local/bin/dssp Mas deu-me o seguinte erro bash: /usr/local/bin/dssp : não pode executar o arquivo binário

Também tentei analisar alguns arquivos de trajetória de uma simulação usando o código

do_dssp -s md.tpr -f traj.xtc

Mas também falhou em me dar o erro abaixo

Reading file md.tpr, VERSION 4.5.5 (single precision)
Reading file md.tpr, VERSION 4.5.5 (single precision)
Segmentation fault (core dumped)

Por favor, envie-me uma solução para este problema. Obrigada!

    

Answer 1

Eu acho que o seu problema é que você não escreveu   sudo chmod a+x /usr/local/bin/dssp ? (Acabei de instalar e usei dssp, com o link que você forneceu, e funciona bem)

(Você deve fazer outra pergunta para o outro problema (com uma explicação melhor e um novo título))

    

Answer 2

Atualizando um pouco. Este é um programa muito fácil de instalar no Ubuntu 14.04

fmp@lucy:~/Downloads$ sudo apt-get install dssp
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done

The following extra packages will be installed:
libboost-iostreams1.54.0 libboost-program-options1.54.0
libboost-system1.54.0 libboost-thread1.54.0
The following NEW packages will be installed:
dssp libboost-iostreams1.54.0 libboost-program-options1.54.0
libboost-system1.54.0 libboost-thread1.54.0
0 upgraded, 5 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.

Setting up dssp (2.2.1-1) ...
Processing triggers for libc-bin (2.19-0ubuntu6.3) ...

Você tem que chamá-lo com o mkdssp !! Exemplos:

Para calcular a estrutura secundária do arquivo 1crn.pdb e escreva o resultado em um arquivo chamado 1crn.dssp, digite:

mkdssp -i 1crn.pdb -o 1crn.dssp

    

Answer 3

Isso é bug. Eu estava usando do_dssp com versões anteriores do GROMACS. Ele não foi executado quando foi atualizado para a versão 4.5.5. Alguém, por favor, faça o upload do GROMACS 4.6 no centro de software da UBUNTU. Acredito que esse problema tenha sido corrigido no GROMACS 4.6. veja isto link.