O Ubuntu One só sincronizará pastas dentro de sua pasta pessoal. O motivo é que, se você estivesse sincronizando a partir de dispositivos removíveis e, por algum motivo, estivesse desconectado, pareceria que todos os arquivos foram removidos e excluídos do website e de todos os outros dispositivos.
Se você realmente quer realmente fazer isso, no Ubuntu você pode usar um bind mount como explicado aqui: Como faço para sincronizar uma unidade externa usando o Ubuntu One?
Atenciosamente