Você pode experimentar este script? (adaptado de New Wave -Chronos )
#!/bin/bash
# Autor: Narf SS 2009
# Site: http://proyectobs.blogspot.com/
#
# Este script cambia el archivo de configuración del tema metacity "New Wave Chronos"
#y actualiza el tema.
#Para su funcionamiento (sin modificación) debe de ser añadido a la ejecución en el inicio,
#y el tema debe de estar instaldo en la carpeta ".theme" del home del usuario.
#Y por supuesto seleccionado en la apariencia del escritorio y este mismo script añadido a las aplicacioens de inicio.
while [ true ]
do
hora='date +%H'
case "$hora" in
06|07) # Amanecer
gconftool-2 --type=string --set /apps/metacity/general/theme 'equinox-evolution-dawn' ;;
08|09|10|11|12|13|14|15|16|17|18) # Medio dia
gconftool-2 --type=string --set /apps/metacity/general/theme 'equinox-evolution-light' ;;
19|20|21) # Atardecer
gconftool-2 --type=string --set /apps/metacity/general/theme 'equinox-evolution-dust' ;;
22|23|24|00|01|02|03|04|05) # Madrugada
gconftool-2 --type=string --set /apps/metacity/general/theme 'equinox-evolution-midnight' ;;
esac
sleep 1h
done