echo '#!/usr/bin/java -jar' > my-command
cat myJar.jar >> my-command
chmod +x my-command
./my-command
Isso responde a sua pergunta (para um determinado jar). Se você fizer seus próprios frascos, é fácil fazer o acima usando o plugin exec-maven. Se não são seus próprios frascos, você pode escrever um script para automatizar o acima para vários arquivos.