Para excluir de <ca> to </cert> , você precisará fugir do / dentro de </cert>
sed '/<ca>/,/<\/cert>/d' file
ou use um delimitador alternativo, por exemplo,
sed '\#<ca>#,\#</cert>#d' file
Ex.
$ sed '\#<ca>#,\#</cert>#d' yourfile
here
there
<key>
asdadsas
</key>
Em ambos os casos, adicione a opção -i ou --in-place para editar o arquivo no lugar.