A distribuição ao vivo está sendo executada a partir da memória RAM, o que significa que a inicialização é lenta, mas depois disso, a execução (na RAM) é super rápida. Quando você o instala no flash USB, ele está sendo executado a partir do flash. O Flash é muito mais lento que o disco rígido e o disco rígido é muito mais lento que a RAM, por isso é normal que na versão Live RAM seja mais rápido.