Isso é intencionalmente feito por design, a barra superior do Unity é usada para indicadores e notificações, que a equipe de design do Ubuntu quer sempre estar visível para acesso rápido de aplicativos e suas notificações. Você sempre pode pressionar a tecla F11 quando quiser executar o aplicativo atualmente em uso no modo de tela cheia sem que nenhuma barra de ativação ou barra superior seja visível, mas isso é algo que a maioria dos sistemas operacionais comum, e acho que a barra de topo do Unity não ocupa muito espaço. Um outro exemplo é o ambiente de área de trabalho GNOME - a barra superior também está sempre visível, isso também é feito pelo design da equipe de designers do GNOME.
Atualização: No ambiente de área de trabalho do GNOME 3, é possível contornar o design padrão instalando o external hide-top-bar
extension como apontado por @Mark Kirby em seu comentário.